Objectif :
De la biologie moléculaire à la biochimie, il y a tous les protocoles nécessaire pour faire de la science.
vendredi 2 décembre 2011
Protocole Gradient de ficoll
Objectif :
jeudi 10 novembre 2011
Protocole utilisation Bioanalyseur
- Préchauffer un bloc à 70°C pour dénaturer les échantillons
- Garder les réactifs à RT 30min avant
- Vérifier la date du gel matrice filtré (1mois) sinon en refaire (550 µl de RNA 6000 Nano gel matrice dans un tube filtré
- Centrifuger le gel matrice 10 min à 4000 rpm
- Préparer 130 µl de gel filtrer + 2µl de dye (vortexer avant 10sec minimum)=> gel dye (bien vortexer 10sec minimum/ valable 1 semaine)
- Centrifuger le gel dye 10 min à 13000g (ne plus vortexer après cette étape)
- Prendre un aliquote de 1µl d’ARN
- Demander le ladder
- Dénaturer les échantillons + le ladder à 70°C pendant 2min, et ne pas remettre dans la glace
- Centrifuger pour tomber les gouttes
Injecter les échantillons sur la puce :
- Vérifier la position de la base ARN
- Fixer la seringue sur le couvercle
- Déposer 9 µl de gel dye dans le puits noté G
- Pressuriser : monter le piston de la seringue sur 1ml, bloquer le piston à la position max, laisser 30 sec, débloquer le piston et laisser ce dernier remonter tout seul (au dessus de 0,8 ml bon indicateur de l'absence de microfuite), ouvrir le couvercle délicatement pour éviter de faire tomber la puce
- Ajouter 9 µl de gel dye dans les 2 autres puits noté G
- Ajouter 5 µl de RNA marqueur dans tous les puits sauf là où il y a le gel dye et 6 µl dans les puits vides
- Ajouter 1µl de ladder dans les puits marqué avec une échelle
- Ajouter 1µl d’échantillon en suivant l’ordre de la puce
- Vortexer 1 min à 2000 rpm, en appuyant sur le bouton rond START
Nettoyage du bioanalyseur : a faire avant et après le run
- Dans les puces de nettoyage, ajouter 350µl de RNAse ZAP
- Laisser agir 1 min
- Rincer avec 350µl d’eau
- Laisser agir 30 sec
- Laisser sécher à l’air libre pendant 1 min
Ordinateur :
- User name : P3S
- Double clic sur Agilent 2100 Expert
- Installer la puce et fermer le couvercle, aller dans assay et choisir le type d’analyse
- Cliquer sur Start
- Dans l’icone DATA rentrer le nom des échantillons
Après lecture
- Refaire un lavage avec la RNASE Zap pendant 1 min
- Refaire le lavage à l’eau pendant 30sec
Print : Run summary, l’electropherogram, gel like, et le result table.
voir ce pdf pour plus de détails : cliquer ici
lundi 29 août 2011
Faire le pH d'une solution de Tris
All solutions with defined pHs should be checked using the pH meter. pH paper is not accurate enough! The pH should be accurate to within 0.1 pH units.
If you are not sure how much acid or base you will need, make up the solution in a volume smaller than the final volume (e.g. 800 ml for 1 liter), adjust the pH and then bring to the final volume.
To adjust pH, use concentrated HCl (strong acid, kept in the Acids cabinet) or 10 N NaOH (strong base). You can also use dilute HCl (1 M) or 1 N NaOH for fine adjustment of pH. Don’t use NaOH pellets unless specified.
Adjust pH while the solution is being stirred in a beaker. Add the acid or base in small increments and check pH after each increment so as not to overshoot.
Concentrated HCl is a 37% solution (~11 M). To make 1 M HCl, dilute 86.5 ml of conc. HCl in 1 liter dH2O.
mercredi 6 juillet 2011
Préparation du running buffer pour les gels SDS
Exemple de solution complète avec le SDS :
5 X SDS-PAGE Gel Running Buffer
15.1 g Tris base72.0 g glycine
5.0 g SDS
Bring to 1 liter with distilled water and dissolve. * Store at room temperature 1 month.